Neben dem Hauptsitz in Hamburg ist das HWWI mit einer Niederlassung in Bremen präsent. Es ist als gemeinnützige GmbH organisiert; einziger Gesellschafter ist die Handelskammer Hamburg. Das HWWI arbeitet eng mit der Helmut-Schmidt-Universität/Universität der Bundeswehr Hamburg (HSU) zusammen. Im Rahmen dieser Zusammenarbeit übernimmt die HSU unter anderem die wissenschaftliche Direktion des HWWI. Wissenschaftliche Kooperationen existieren zudem mit der Universität Bremen sowie der Leibniz-Fachhochschule Hannover.

Das HWWI stellt in seiner Funktion als Wirtschaftsforschungsinstitut eine Plattform bereit, auf der sich Wissenschaftler, Politiker, Unternehmer, Verbände und die interessierte Öffentlichkeit vernetzen und zukünftige ökonomische Herausforderungen identifizieren, diskutieren und Lösungsansätze herausarbeiten können.

In der eigenen Forschungsarbeit widmet sich das HWWI vorrangig weltwirtschaftlichen Fragestellungen, wie zum Beispiel der Erforschung der Konsequenzen von Umweltverschmutzung und Klimawandel, der Ergründung der Ursachen und Folgen von internationalen Migrationsströmen oder den Bestimmungsgründen des weltwirtschaftlichen Wachstums. Die enge Verbundenheit zum norddeutschen Standort des HWWI kommt dabei darin zum Ausdruck, dass die Konsequenzen weltwirtschaftlicher Entwicklungen für Norddeutschland insgesamt und den Standort Hamburg im Besonderen herausgearbeitet werden.

Das HWWI sieht sich der evidenzbasierten Wirtschaftspolitik verpflichtet. Evidenzbasierte Forschung verlangt, wirtschaftspolitische Handlungsempfehlungen nicht aus Glaubenssätzen heraus zu formulieren, sondern auf der Basis geeignet erhobener Daten herzuleiten. Dabei kommen vorrangig moderne statistisch-ökonometrische Verfahren aus dem Bereich der Kausalanalyse, der Zeitreihenanalyse und der räumlichen Ökonometrie zum Einsatz.

Das HWWI hat den Anspruch, sich auf der Basis der eigenen Forschungstätigkeit in den vorrangigen Arbeitsfeldern aktiv an der wirtschaftspolitischen Debatte zu beteiligen. Dazu werden die Forschungsergebnisse so aufbereitet, dass sie für die Medien und die Öffentlichkeit leicht nachvollziehbar und einzuordnen sind.